Špecifickým cieľom projektu je zlepšiť stav ochrany druhov a biotopov a posilniť biodiverzitu, najmä v rámci sústavy Natura 2000; konkrétnym cieľom projektu je podporiť udržateľné a efektívne využívanie prírodných zdrojov, zabezpečiť ochranu životného prostredia, aktívne prispôsobenie sa zmenám klímy a propagáciu energetickej účinnosti a nízkouhlíkového hospodárstva
Hlavnou aktivitou projektu je Spracovanie dokumentov územného systému ekologickej stability (v zmysle zákona č. 543/2002 Z. z. o ochrane prírody a krajiny v znení neskorších predpisov, ďalej len „zákon o ochrane prírody a krajiny“) t. j. 70 pilotných dokumentov miestnych územných systémov ekologickej stability.
Dokumenty MÚSES sa stanú záväzným ekologickým regulatívom pre plánovacie procesy v krajine a rozhodovaciu činnosť orgánov verejnej správy. Merateľnými ukazovateľmi projektu bude 70 dokumentov MÚSES ako dokument určený na ochranu rozmanitosti podmienok a foriem života na miestnej úrovni.
70 pilotných dokumentov územného systému ekologickej stability okresov Banská Bystrica, Banská Štiavnica, Brezno, Detva, Krupina, Lučenec, Poltár, Revúca, Rimavská Sobota, Veľký Krtíš, Zvolen, Žarnovica, Žiar nad Hronom, Malacky, Pezinok, Senec, Gelnica, Košice, Michalovce, Rožňava, Sobrance, Spišská Nová Ves, Trebišov, Komárno, Levice, Nitra, Nové Zámky, Šaľa, Topoľčany, Zlaté Moravce, Bardejov, Humenné, Kežmarok, Levoča, Medzilaborce, Poprad, Prešov, Sabinov, Snina, Stará Ľubovňa, Stropkov, Svidník, Vranov nad Topľou, Bánovce nad Bebravou, Ilava, Myjava, Nové Mesto nad Váhom, Partizánske, Považská Bystrica, Prievidza, Púchov, Trenčín, Dunajská Streda, Galanta, Hlohovec, Piešťany, Senica, Skalica, Trnava. Bytča, Čadca, Dolný Kubín, Kysucké Nové Mesto, Liptovský Mikuláš, Martin, Námestovo, Ružomberok, Turčianske Teplice, Tvrdošín, Žilina.